Según establece el artículo 8 de la DMA, los Estados Miembros velarán por el establecimiento de programas de seguimiento del estado de las aguas, con objeto de obtener una visión general coherente y completa del estado de las aguas.
La Confederación Hidrográfica del Ebro adaptó las redes de control a las especificaciones de la DMA, y desde el año 2006 realiza el seguimiento del estado de las masas de agua a través de la red CEMAS (Control del Estado de las Masas de Agua Superficiales).
El Real Decreto 817/2015, de acuerdo con la DMA, establece los criterios de seguimiento y evaluación del estado de las aguas superficiales. Los programas de seguimiento del estado de las aguas superficiales son: el Programa de control de Vigilancia, el Programa de control Operativo y el Programa de control de Investigación, así como el control adicional de las masas de agua del Registro de zonas protegidas.
En esos Programas se controlan indicadores biológicos, físico-químicos e hidromorfológicos, que permiten evaluar el estado ecológico. Además, para la vigilancia de contaminantes químicos existen planes de control específicos, que se vienen desarrollando desde 1992.
Las estaciones muestreadas anualmente dentro de cada control, junto con los resultados de los indicadores, se recogen en los informes de situación y seguimiento publicados anualmente por el Área de Calidad de Aguas; se pueden consultar y descargar en el apartado Informes. La distribución geográfica de las estaciones de la red CEMAS puede consultarse en el Geoportal SITEbro.